Il colore nelle perle coltivate ha molte cause, vale a dire i pigmenti organici e la chimica relativa al serbatoio d'acqua in cui viene coltivato il guscio della perla (ad esempio, l'acqua di mare e l'acqua dolce hanno diverse concentrazioni di manganese con impatto sul colore della madreperla). La specie di mollusco perla è, ovviamente, uno dei fattori più importanti in questo processo, in particolare il campione donatore che fornisce l'innesto di tessuto del mantello (noto come saibo) che viene inserito nelle gonadi o mantello (a seconda del metodo di coltura) di un mollusco perlato produttivo per la formazione della sacca perlacea coltivata. Esperimenti di xenotrapianto (che significa innesto da una specie nel mollusco ospite di un'altra specie) hanno dimostrato che il colore è controllato principalmente dalle caratteristiche genetiche dell'innesto nelle perle coltivate.
Inoltre, la comprensione dei meccanismi del colore è fondamentale in laboratorio per determinare se il colore di una perla è naturale o un risultato o un trattamento (es. tintura, calore, decolorazione). L'ostrica perla Pinctada margaritifera typica ha cellule del tessuto del mantello che secernono insolite madreperla color terra (visto nell'interno del guscio di madreperla delle ostriche), e quindi ci si aspetta che anche i colori di quelle perle coltivate siano colorati in questo modo.
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