Die Farbe in Zuchtperlen hat viele Ursachen, nämlich organische Pigmente und die Chemie im Zusammenhang mit dem Wasserreservoir, in dem die Perlenschale gezüchtet wird (zum Beispiel haben Meerwasser und Süßwasser unterschiedliche Mangankonzentrationen, die sich auf die Farbe des Perlmutts auswirken). Die Perlenmolluskenart ist natürlich einer der wichtigsten Faktoren in diesem Prozess, insbesondere die Spenderprobe, die das Mantelgewebetransplantat (bekannt als Saibo) liefert, das in die Keimdrüsen oder den Mantel (je nach Kultivierungsmethode) eingesetzt wird ein produktives Perlweichtier zur Bildung des Zuchtperlensacks. Experimente zur Xenotransplantation (d. h. Transplantat einer Art in Wirtsmollusken einer anderen Art) haben gezeigt, dass die Farbe hauptsächlich durch die genetischen Eigenschaften des Transplantats in Zuchtperlen gesteuert wird.
Darüber hinaus ist das Verständnis der Farbmechanismen von entscheidender Bedeutung im Labor, um festzustellen, ob die Farbe einer Perle natürlich ist oder ein Ergebnis oder eine Behandlung (z. B. Färben, Erhitzen, Bleichen). Die Perlenauster Pinctada margaritifera typica hat Mantelgewebezellen, die ungewöhnlich erdfarbenes Perlmutt absondern (zu sehen im Inneren der Perlmuttschale der Austern), und daher wird erwartet, dass auch die Farben dieser Zuchtperlen auf diese Weise gefärbt sind.
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