La couleur des perles de culture a de nombreuses causes, à savoir les pigments organiques et la chimie liée au réservoir d'eau où la coquille de la perle est cultivée (par exemple, l'eau de mer et l'eau douce ont des concentrations de manganèse différentes ayant un impact sur la couleur de la nacre). L'espèce de mollusque perlier est, bien sûr, l'un des facteurs les plus importants dans ce processus, en particulier le spécimen donneur qui fournit la greffe de tissu du manteau (connu sous le nom de saibo) qui est inséré dans les gonades ou le manteau (selon la méthode de culture) de un mollusque perlier productif pour la formation du sac de perles de culture. Des expériences de xénotransplantation (c'est-à-dire de greffe d'une espèce sur un mollusque hôte d'une autre espèce) ont démontré que la couleur est principalement contrôlée par les caractéristiques génétiques de la greffe dans les perles de culture.
En outre, il est essentiel de comprendre les mécanismes de la couleur en laboratoire pour déterminer si la couleur d'une perle est naturelle ou un résultat ou un traitement (ex : teinture, chaleur, décoloration). L'huître perlière Pinctada margaritifera typica a des cellules du tissu du manteau qui sécrètent une nacre de couleur terreuse inhabituelle (vue à l'intérieur de la coquille de nacre des huîtres), et donc les couleurs de ces perles de culture devraient également être colorées de cette manière.
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