El color de las perlas cultivadas tiene muchas causas, a saber, los pigmentos orgánicos y la química relacionada con el depósito de agua donde se cultiva la concha de la perla (por ejemplo, el agua de mar y el agua dulce tienen diferentes concentraciones de manganeso que repercuten en el color del nácar). La especie de molusco perla es, por supuesto, uno de los factores más importantes en este proceso, especialmente el espécimen donante que proporciona el injerto de tejido del manto (conocido como saibo) que se inserta en las gónadas o manto (según el método de cultivo) de un molusco perlífero productivo para la formación del saco perlífero cultivado. Los experimentos de xenotrasplante (es decir, el injerto de una especie en el molusco huésped de otra especie) han demostrado que el color está controlado principalmente por las características genéticas del injerto en las perlas cultivadas.
Además, es fundamental comprender los mecanismos del color. en el laboratorio para determinar si el color de una perla es natural o resultado de un tratamiento (por ejemplo, tintura, calor, decoloración). La ostra perlera Pinctada margaritifera typica tiene células de tejido del manto que secretan nácar de color terroso inusual (visto en el interior de la concha de nácar de las ostras) y, por lo tanto, también se espera que los colores de esas perlas cultivadas sean coloreados de esa manera.
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